Sí, los comprobantes de tus ventas cumplen los requisitos para ser válidos como boleta. 

Mercado Pago reporta al SII todos los cobros procesados a diario. Si quieres emitir tus boletas por otros medios, debes notificar tu preferencia al SII para dejar sin validez los comprobantes de Mercado Pago. Si no lo haces, estarás emitiendo boletas duplicadas para cada operación.